Missie 2 - Instaan voor het beheer en de verwerking van de verzamelde gegevens
CEpiP volgt de verzamelde gegevens (met uitzondering van de herinneringsberichten) dagelijks op en beheert ze: opsporen van dubbele vermeldingen en van kinderen die geboren werden buiten het ziekenhuis waar ze getest zijn, onvolledige gegevens ophalen en onsamenhangende gegevens verbeteren. Dit werk wordt aangevuld door een controle van de teams in het werkveld. Men verzoekt hen driemaandelijks en jaarlijks de niet-afgesloten dossiers na te kijken via hun toegang tot het gegevensbestand.
De gegevens worden jaarlijks geanalyseerd en gepubliceerd in een wetenschappelijk rapport. Zo kan men de evolutie van de programmaresultaten observeren en aftoetsen met de kwaliteitsindicatoren, zoals omschreven in de internationale literatuur. De statistieken worden elk jaar overgemaakt aan de deelnemende ziekenhuizen in de vorm van een feedback-fiche.