Midden de jaren 80 werd in Vlaanderen de vzw ‘Studiecentrum voor Perinatale Epidemiologie – SPE’ mee opgericht door de Vlaamse vereniging van Gynaecologen en Kinderartsen. De vzw SPE verzamelt en analyseert de perinatale gegevens op basis van de geboorte- en overlijdensaangiften en publiceert sinds vele jaren bijzonder interessante rapporten over de perinataliteit in de Vlaamse Gemeenschap. Zo kan die tegemoet komen aan haar statistische verplichtingen, met name tegenover de Algemene Directie Statistiek (aan wie de Gemeenschappen officiële cijfers moeten voorleggen). De vzw geniet de financiële en administratieve steun van de Vlaamse Gemeenschap.

Tegen deze achtergrond besloot de vereniging van Franstalige gynaecologen en verloskundigen van België (Groupement des Gynécologues Obstétriciens de Langue Française de België - GGOLFB) in samenwerking met de Belgische Vereniging voor Kindergeneeskunde een structuur op te richten, met als doel een betere verzameling en verwerking van de perinatale gegevens in Wallonië en Brussel. Op 14 september 2007 werd de vzw CEpiP opgericht.

Dankzij deze gegevens kan België voldoen aan zijn verplichtingen tegenover EUROSTAT, maar ook Europese projecten zoals PERISTAT. Dit is een onderzoeksproject binnen de meer algemene doelstelling om een Europees informatiesysteem te creëren met vergelijkbare indicatoren, die worden verzameld in elk land. De AD SANCO (Directorate General for Health and Consumer Affairs) hecht veel belang aan dit soort projecten en de overdracht van deze indicatoren zou wettelijk verplicht kunnen worden (en is dat al tegenover EUROSTAT).

Naar aanleiding van een besluit van de regering van de Franse Gemeenschap van 27 mei 2009, werd het programma voor het systematisch neonataal opsporen van doofheid in de Franse Gemeenschap geïntegreerd binnen de vzw Centre d'Epidémiologie Périnatale. De structuur geniet bijstand en financiële ondersteuning van de Federatie Wallonië-Brussel en het Waalse Gewest, maar ook van de ervaring en de welwillende adviezen van deze beiden, het Observatorium voor Gezondheid en Welzijn Brussel-Hoofdstad en het Studiecentrum voor perinatale epidemiologie.

Als vzw heeft het CEpiP een Raad van Bestuur, een beheercomité voor elk programma (perinataliteit en doofheid) en een Wetenschappelijke Raad. De rol van de wetenschappelijke raad bestaat erin een wetenschappelijke controle uit te oefenen, te adviseren en krachtlijnen voor te stellen voor de ontwikkelingsacties van het CEpiP. De raad moet volledig transparant werken tegenover de sector van de perinatale epidemiologie en de kwaliteit borgen van het verwerken van de perinatale en moederlijke morbiditeitsgegevens, zodat het gegevensbestand kan aangewend worden door externe onderzoekers.