Le CEpiP suit et gère quotidiennement les données collectées (hors courriers de rappel), par l’identification des doublons et des enfants nés hors des hôpitaux où ils ont été testés, en récupérant les données incomplètes et en corrigeant les données incohérentes. Ce travail est complété par une vérification des équipes de terrain, qui sont invitées à vérifier de façon trimestrielle et annuelle les dossiers non clôturés, via leur accès à la base de données.

Une analyse de ces données est effectuée annuellement et suivie de la publication d’un rapport scientifique. Ceci permet d’observer l’évolution des résultats du programme et de mettre en perspective les indicateurs de qualité identifiés dans la littérature internationale. Les statistiques sont transmises chaque année aux hôpitaux participants, sous forme de fiche de rétro-information.